氯化铯(CsCl)/碘克沙醇密度梯度离心大概是经典的AAV纯化技术了。这种技术适用于所有血清型且分辨率高，但是因生产工艺很难放大，低通量等缺点阻碍了其在工业中的应用。继密度梯度离心之后，色谱法不断发展，并逐渐成为一种成熟的、主流的方法。色谱法通过载体的净电荷、疏水性、对配体的亲和性、大小以及其他性质来分离并纯化载体。这类技术有诸多的优点：更具可扩展性和成本效益，可多次重复使用，可并行运行或串联运行，还可有效去除非定植剂，这是开发后期的一个关键方面。SAN HQ高盐核酸酶的改善效果与血清型无关。福建进口生物试剂高盐核酸酶70960-001
一般来说，生物生产工艺用的核酸酶以BenzonaseTM（BenzonaseTM是Merck的注册商标）为主，能高效降解任何形式（双链、单链、线状、环状）的DNA和RNA。该酶来自于大自然界普遍存在的S.Marcescen，通过E.coli发酵生产得到。该酶的适宜反应条件是低盐浓度范围（<100mM盐浓度），且酶活随着盐浓度上升而下降，在300mM盐浓度时酶活几乎丧失。对于细胞基因药物常用的两种病毒载体LV和AAV，LV由于含有脂包膜结构一般都在生理盐条件下存在，而AAV在高盐条件下不易团聚、更稳定。而在生理盐浓度及更高浓度条件下，Benzonase活性受到抑制。山西基因药物生产用高盐核酸酶70921-160SAN HQ高盐核酸酶在盐浓度400-650mM条件下活性达到峰值。
ArcticZymes Technologies提供独特特性的盐活性核酸酶（Salt Active Nucleases，SANs）系列产品，主要包含SAN HQ高盐核酸酶和M-SAN HQ中盐核酸酶。这两款酶都是非特异核酸内切酶，跟Benzonase一样能高效降解任何形式（双链、单链、线状、环状）的DNA和RNA；都来自于深海microbes，通过Pichia pastoris发酵生产得到。这两款酶的区别在于发挥酶活的适宜盐浓度不同，——M-SAN HQ中盐核酸酶的适宜盐浓度在175mM-250mM，而SAN HQ高盐核酸酶的适宜盐浓度在400mM-600mM。
从国内来看，由于 AAV 基因药物研发管线绝大部分集中在眼科遗传病上，载体用量较小，三质粒共转染 AAV 系统足以满足未来的临床及商业需求，因此，国内的 AAV 生产系统主要以三质粒为主。然而，考虑到未来 AAV 基因药物在血液、神经系统、肌肉系统等领域的临床应用，三质粒系统显然难以胜任。如药明生基从国外收购了 OXGENE 的辅助腺病毒 AAV 生产系统 TESSA，据报道较三质粒系统有10倍的提升；而基因药物 CDMO 企业北京五加和基因则在国内率先采用了陈海峰博士的威洛克公司授权的Bac-to-AAV 系统，凭借公司在病毒载体领域持续30年的研发经验，不断摸索、试验，终于在临床级生产方面获得了巨大的成功，为 AAV 基因药物管线研发公司锦篮基因进行多批次临床 CDMO 代工生产。高盐能够抑制AAV病毒载体聚集，提高AAV病毒载体产量。
残留的宿主DNA是生产中产生的杂质，其存在潜在的致瘤性、传染性和免疫原性等风险。相关研究表明，基因的大小普遍在200bp以上，因此大于200bp有可能会有一定的致病性，而且残留DNA片段越大，生物制品的风险等级越高。因此，各国监管机构对其提出了严格要求。美国食品药品监督管理局（FDA）在《关于人类基因zhiliao新产品生产指导文件》中明确指出HCD的片段要小于200bp。2022年5月，国家药品监督管理局药品评审中心（CDE）发布的《体内基因药物产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》中也明确指出需对DNA残留量和残留片段大小进行控制，建议尽量将DNA残留片段的大小控制在200bp以下。SAN HQ高盐核酸酶具有热不稳定的特性，在还原剂存在条件下，50℃、30min孵育即可失活；海南ArcticZymes高盐核酸酶70921-160
SAN HQ高盐核酸酶能够使载体表面的DNA去除更彻底，得到的AAV病毒颗粒更稳定。福建进口生物试剂高盐核酸酶70960-001
从细胞中释放AAV载体的基本机械技术是反复冷冻/解冻，然后是低速离心步骤然而，但是这种技术很难放大生产。机械均质，如法式压滤，是另一种裂解方法，在这种方法中，细胞膜在高压剪切力作用下发生破裂。虽然这种方法是可放大的，但是由于剪切应力引起的聚集和沉淀，往往会导致产品损失。而化学裂解方式，例如Triton X-100在病毒载体纯化过程有较高的总收率，而且易于放大。但是也有其局限性。研究表明，Triton X-100造成了一些急性口服毒性、眼睛损伤、皮肤刺激和慢性水生毒性。因此，该去垢剂在2016年被欧洲化学品管理局（European Chemicals Agency）被列为需要高度关注的物质。福建进口生物试剂高盐核酸酶70960-001
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