虽然茎环法逆转录技术在分子生物学和医学研究中具有普遍的应用，但在实际应用中还存在一些挑战。例如，茎环结构的RNA分子需要经过复杂的化学合成和纯化过程，从而增加了技术的难度和成本。此外，茎环法逆转录技术也面临着样品污染、PCR反应中的非特异扩增等问题，需要在实验设计和数据分析中进行有效的控制和纠正。总之，茎环法逆转录技术是一种重要的分子生物学技术，它具有特异性高、全长扩增、无需RNA纯化等优点，在RNA的研究和检测中得到了普遍的应用。随着分子生物学和医学研究的不断发展，茎环法逆转录技术的应用范围也会不断扩展，并为科研和临床诊断提供更多的技术支持。逆转录过程由逆转录酶催化，此酶也称依赖RNA的DNA聚合酶，即以RNA为模板催化DNA链的合成。上海一步法逆转录酶企业
RT-PCR逆转录中模板的选择：在RT-PCR实验中，选择总RNA或纯化的mRNA作为模板进行逆转录十分重要。mRNA虽然能提供略高的灵敏度，但总RNA经常使用，具有较mRNA更重要的优势。首先，其过程需要较少的纯化流程，这保证了更好的回收模板和更好的把结果标准化为起始的细胞数。第二，避免mRNA富集步骤，为了避免不同mRNA的回收率而带来结果偏移的可能性。总之，在大多数的应用中，目标基因的相对定量比检测的非常灵敏度更重要，因此在多数情况下，总RNA更适用。合肥加尾法逆转录混合逆转录活性可以RNA为模板，合成与其序列互补的DNA链，生成DNA-RNA杂合双链。
逆转录的端粒复制：逆转录经常与细胞恶性转化有关，艾滋、乙肝等很多疾病也有逆转录过程。所以相关研究可以为很多疾病的研究和防治提供帮助。逆转录酶抑制剂就一直是药物研发热点，例如抗HIV的nevirapine。逆转录酶缺乏校对（3'-5'核酸外切酶）功能，所以容易出错。这也是很多病毒容易突变进化的原因，比如nevirapine就很容易被抵抗。不过，校对功能与逆转录活性并不矛盾。有人使用改良的定向进化策略从具有校对功能的DNA聚合酶（古细菌的DNA聚合酶B）进化出高保真的耐热逆转录酶，称为逆转录异种聚合酶（reversetranscriptionxenopolymerase），证明校对与逆转录是兼容的。在科研中，RTX可用于RT-PCR等过程，能够提高精确度及简化操作程序。
逆转录酶是存在于RNA病毒体内的依赖RNA的DNA聚合酶。RT-PCR实验中的逆转录酶需要具有以下二种活性：依赖RNA的DNA聚合酶活性：以RNA为模板合成cDNA的首先条链。依赖DNA的DNA聚合酶活性：以一条DNA链为模板合成互补的双链DNA。在选择逆转录酶时，建议选择无RNaseH①活性（RNaseH-）的逆转录酶。具有RNaseH活性的逆转录酶的RNaseH活性会与聚合酶活性竞争RNA模板与DNA引物（或cDNA延伸链）形成的杂合链，并降解杂合链中的RNA链。被RNaseH活性所降解的RNA模板不能再作为合成cDNA的有效底物，降低了cDNA合成的产量与长度。质粒RNA检测中的逆转录反应需要特定反应体系。
miRNA的加尾法逆转录和qPCR，miRNA与mRNA不同，成熟的miRNA的长度只有20nt左右，非常短，通常正向引物就足以覆盖其全长甚至有余，反向引物就无处安放了。那么如何实现miRNA的qPCR扩增呢？解决方案就是在逆转录的时候设法增加逆转录产物长度。普遍的方法有两种，加尾法和茎环法。经过加尾法或茎环法这种特殊的逆转录形式处理之后，得到的cDNA长度从原始的20nt增加到80nt以上，这样就能够实现miRNA的qPCR扩增了。RNA逆转录实验注意事项：选择合适的引物：但其对RNA的完整度和二级结构的要求较高，而且不适用于原核生物。随机引物可以根据碱基情况结合到几乎所有的RNA上，包括mRNA、tRNA和rRNA。逆转录实验后的DNA的片段可用于测序等高通量技术。合肥加尾法逆转录混合
高效的逆转录体系可提高反应效率和检测灵敏度。上海一步法逆转录酶企业
大多数逆转录酶都具有多种酶活性，主要包括以下几种活性。①DNA聚合酶活性；以RNA为模板，催化dNTP聚合成DNA的过程。此酶需要RNA为引物，多为赖氨酸的tRNA，在引物tRNA3'－末端以5'→3'方向合成DNA。反转录酶中不具有3'→5'外切酶活性，因此没有校正功能，所以由反转录酶催化合成的DNA出错率比较高。②RNaseH活性；由反转录酶催化合成的cDNA与模板RNA形成的杂交分子，将由RNaseH从RNA5'端水解掉RNA分子。③DNA指导的DNA聚合酶活性；以反转录合成的首先条DNA单链为模板，以dNTP为底物，再合成第二条DNA分子。上海一步法逆转录酶企业
