Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。Cy3染料的激发峰和发射峰分别在550 nm和570 nm左右，它的荧光肉眼观察很明亮，并且对pH不敏感，在共聚焦显微镜中可以用532nm（肩峰）或者556nm（顶峰）的激光束激发，在普通荧光显微镜中可以用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy3也是Dil等细胞电位追踪剂的母核，所以它是在生物技术中非常有用的荧光染料。在荧光成像时，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽等，它常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。基于荧光图谱的相似性，Cy3可以被TAMRA，TRITC, BODIPY TMR等染料替代，在需要更明亮，更稳定的替代物时，可以考虑使用AF547或者AF555等。吲哚菁绿在生物识别和药物输送方面也有广泛的应用。四川荧光染料DIO
本质上，有机染料的特征在于源自在整个生色团上离域的光学跃迁或源自分子间电荷转移跃迁（从激发电子态的分子内电荷转移）的发射。在这里，表现出源自在整个生色团上离域的光学跃迁的发射的染料被称为共振染料（介观染料），而后者被称为CT染料（电荷转移染料）。花青、罗丹明和荧光素是一些最常见的共振染料，其特点是窄的吸收和发射带（略微结构化），往往相互镜像，以及小的、对溶剂极性不敏感的斯托克斯位移。另一方面，CT染料包括香豆素和丹磺酰荧光团等染料，其特点是与共振染料相比，吸收和发射带结构无结构，分离良好，以及更大的斯托克斯位移。同样，与共振染料相比，CT染料具有更小的摩尔吸收系数和荧光量子产率。对于共振和CT荧光染料，在结构-性质关系众所周知的情况下，可以通过精心设计的策略来微调光谱性质。四川荧光染料IR825D-荧光素钾盐小动物成像。
在1990年代***使用的绿色荧光蛋白（从水母维多利亚水母克隆）及其衍生物（例如藻红蓝蛋白、藻胆蛋白和藻红蛋白等）是当今生物学研究中**常用的一些生物荧光团。虽然荧光团可用于在细胞、细菌和各种***中表达质粒，但它们的使用有一些缺点，即它可能很耗时，并且在融合时还能够改变某些细胞蛋白的正常生物学功能。此外，与许多其他荧光团相比，生物荧光团的光稳定性和灵敏度较低。绿色荧光蛋白(GFP)绿色荧光蛋白是当下流行的生物荧光团之一，由238个氨基酸组成，其中三个负责发出可见绿色荧光的结构。在水母本身中，荧光团与水母发光蛋白（一种蛋白质）相互作用，当添加钙时会发出蓝光。通过DNA重组，研究人员可以使用负责产生蛋白质的基因来研究给定的基因和蛋白质。在这里，在将复合物插入细胞之前，该基因与另一个基因（负责产生所需蛋白质的第二个基因）结合。如果细胞产生绿色荧光，研究人员就可以明显看出该细胞能够表达目标基因。GFP由488nm激光线激发，可在510nm处检测。来自荧光团的微弱信号可以使用抗GFP抗体放大。作为生物标记物，绿色荧光蛋白用于以下功能：监测各种生理过程*识别蛋白质定位*检测转基因表达
如何选择的染料？
考虑到荧光染料种类繁多，您如何为您的特定应用选择使用哪种染料？以下是您需要考虑的一些因素。※与实验设计的兼容性：虽然它们可能与其他荧光团共享一些光谱相似性，但每种染料都是***的，并且具有不同的功能、激发和发射波长、波段形状和宽度以及光稳定性。为确保成功，请选择与您的实验设计相辅相成的一种。与设备的兼容性：选择与您正在使用的照明源相匹配的染料。在选择合适的荧光仪器时，请考虑仪器的灵敏度、动态范围、稳定性和通量、信噪比和信空白比。为了获得更好的结果，请确保染料的发射曲线与可用的检测方法相匹配。与样品中其他荧光材料的相容性：在双重或三重标记实验中，您选择的染料的发射和激发曲线不应与其他荧光团重叠。由于许多天然存在的细胞成分会以与您选择的染料或探针相同的波长发出荧光，因此您还需要确保可以从背景自发荧光中清楚地识别所选染料产生的信号。 罗丹明具有出色的光稳定性以及许多光物理特性，使其非常适合用作激光染料、荧光探针和颜料。
琥珀酰亚胺酯（Succinimidylesters）/NHS酯活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质，肽，胺修饰的寡核苷酸和其他生物分子上的游离氨基（-NH2）2、马来酰亚胺（Maleimides）活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质和肽上的巯基3、叠氮化物(Azides)活性荧光染料通过点击化学法（Click）标记乙烯基4、炔烃(Alkynes)活性荧光染料通过点击化学方法标记叠氮化物5、羧酸(Carboxylicacids)活性荧光染料经碳二亚胺预活化后用于标记胺或用于醇的Steglich酯化6、氨基(Amines)活性荧光染料具有游离氨基的荧光染料，用于与各种亲电子化合物（如活化的酯和环氧化物）偶联。非磺化花青类染料- 该组中的一些染料包括 cy3、cy3.3、cy5、cy5.5、cy7 和 cy7.5。四川荧光染料IR825
Super Flour 系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH 4～10）, 更好的抗淬灭性。四川荧光染料DIO
DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族亲脂性的荧光染料，可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。当与细胞膜结合后其荧光强度**增强，这类染料有着很高的淬灭常数和激发态寿命。一旦对细胞染色，这类染料在整个细胞膜上扩散，比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。它们的荧光颜**分明显：DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）这使得他们可以用来对活细胞进行多色成像和流式分析。DiI和DiO可以分别用标准的 FITC和TRITC的滤光片。DiD可以用 633 nm He–Ne 激光器激发，有着比DiI更长的激发波长和发射波长，在细胞和组织染色中更有价值。 DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在***成像中用来示踪。四川荧光染料DIO
