目前对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用IonTorrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果通过测定获得了病毒全基因组11979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离... 【查看详情】

未知病原鉴定测序实验基于二代测序技术。样本经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后转换成了病原体的序列数据。首先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对病原的核酸纯化样本指南，以提高病原纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节，探普生物专门针对病原样本的核酸低浓度/超微总量特点开发了超微量核酸文库构建，可... 【查看详情】

病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的生物。病毒是一种非细胞生命形态，它由一个核酸长链和蛋白质外壳构成，病毒没有自己的代谢机构，没有酶系统。病毒是颗粒很小、以纳米为测量单位、结构简单、寄生性严格，以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。病毒是比细菌还小、没有细胞结构、只能在细胞中增殖... 【查看详情】

能实现对病毒的全基因组进行测序的技术手段：早期在高通量测序技术普及之前，对病毒的全基因组进行测序是通过非特异性扩增+克隆结合sanger测序来完成的。当物种有了参考的序列之后，可以通过特异性扩增+sanger测序获得全基因组序列。Sanger测序准确度高，读长很长，但与此同时，扩增和克隆工作费时费力，由于流程繁琐，加上快速变异导致引物无法... 【查看详情】

微生物鉴定可以用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。因为各种噬菌体都有其严格的宿主范围，不同的细菌作为噬菌体的宿主对应有特定的已知特性的噬菌体，其和噬菌体的作用方式也有接合，转化，转接，溶原性转换和原生质体融合等多种方式。部分细菌可以采用血清学反应的方法来进行区分和鉴别，就比如说常见的疑似伤寒沙门菌的菌种鉴别，我们可以利用血... 【查看详情】

宏基因组有广义和狭义两种概念。广义的概念是指所有可能与人的生活密切相关的微生物的基因组，包括长期共生在体内的微生物，也包括可以进入体内，对人类的生活造成不同形式的影响的微生物。而狭义的宏基因组是指长期共生在体内的微生物。宏基因组测序分析技术：单是共生在人体内的微生物就有1000多种，特别是胃肠道内的微生物为丰富。宏基因组除了这些微生物外，... 【查看详情】

基因测序技术在此次中起到了至关重要的作用，我国科研单位在一个月之内迅速发现了正确的致病病毒并完成测序，得到了WHO的赞许。我国科学研究者对病毒序列、变异、核酸检测手段的分享也为全世界应对COVID-19带来了极有力的支持。在病毒检测过程中，一种测序技术获得了市场的普遍关注，这个技术就是宏基因组测序（mNGS）技术。宏基因组学（Metage... 【查看详情】

近年来，随着测序技术的发展，对微生物群（微生物组）的研究逐渐加深，研究热点越来越多集中于环境和生物体相互作用的微生物群。加之测序成本降低，分析技术不断提升，都使得宏基因组测序技术得到普遍应用。为什么要做宏基因组：宏基因组相对16S来说其物种分辨率会更高，随着物种测序完成越来越多，数据库更加完善，在肠道菌群方面基本能实现97%以上的菌都能鉴... 【查看详情】

病毒宏基因组学：是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警... 【查看详情】

上海探普生物科技有限公司对样本进行宏病毒组测序以后的数据分析是如何进行的？寄生性质的生物下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点，优化了自有数据库，搭载了的生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的目标物种序列。生物信息学流程主要包括，1，基于数据库，去除宿主数据和其他微生物数据，筛选出目的序列，然后进行序列组装，物... 【查看详情】

病毒宏基因组学文库中包含兆级的短序列片段（Reads）。通过不同的序列拼接软件将Reads拼接较长的DNA序列片断（Contigs）。数据组装可通过K-mer分析评估各个样品的测序深度，通过对SOAPdenovo设置不同K值，筛选较好组装结果，对较好组装结果进行校正，并统计Reads利用率。接着利用已测序生物体的DNA序列构建数据库，将拼... 【查看详情】

病毒全基因组测序，高通量测序技术的发展在生物信息学分析方面，通过新的分析软件的研发和原有分析软件的升级，对测序所得数据的分析也变得更加可靠；除此之外，伴随着BasSpace等服务的出现，进行数据分析工作所需的设备成本也在逐步降低。将来，伴随着高通量测序技术与数据分析技术的不断进步，测序精度与可靠性的上升，测序与数据分析成本的下降，高通量测... 【查看详情】