宏病毒组其实就是病毒的宏基因组（meta-genomics），该技术是随着高通量测序技术的兴起而发展起来的。该技术主要是使用大量微生物群体样本的测序数据和生物信息学分析手段，以多种数据库为基础，进行群体的种类和功能分析。因此，它主要的应用场景在于微生物群体研究，如肠道微生物、皮肤微生物、口腔微生物、水体微生物、土壤微生物等。一直以来宏基因组技术都是在细菌领域使用，病毒的样本收集困难、文库构建繁琐、数据库不完善，因此宏基因组技术未能获得普遍应用。上海探普生物科技有限公司立志专门解决病毒方向的基因组研究难题，开发了整套的样本处理和生信分析流程，基于这套流程，研究者们想对样本进行宏病毒组测序就很容易实现了。病毒宏基因组也是旨在研究微生物群体中的物种分布规律和差异,通过大数据分析微生物群体的功能。土壤微生物测序
病毒宏基因组测序可直接对样本中的核酸进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。覆盖细菌、病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等13396种微生物；同时进行耐药基因检测，涵盖266种耐药菌，2984种抗性基因。宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用：发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方法的局限，可以直接以标本中所有的遗传物质为研究对象，从而能够快速地鉴定出标本中存在的病毒，形成了一门研究特定环境中病毒群落的新兴学科：病毒宏基因组学(宏病毒组)。广州皮肤微生物多样性测序分析可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无,从而达到检测特定微生物的目的。
目前技术的进一步成熟，未来二代测序病原体检测应进一步在成本下降、诊断标准完善、质量控制提升等方面进行完善。同时应进一步增加大样本量的研究，以建立中国传染病原体宏基因组学检测的标准规范。对于怀疑神经系统急性传染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2mL脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。在完成常规生物化学检查和培养之后，若3d内未获得明确的病原学依据且经验性抗传染无效，推荐对留存的脑脊液标本进行二代测序检测。若未留存标本，可重新采集标本（Ａ，Ⅱ）。
病原体-宏基因组的测序:1.开发了一种经过验证的临床mNGS检测方法，用于在许可的微生物实验室中诊断脑脊髓液（CSF）引起的脑膜炎和脑炎的传染原因。2.开发了定制的生物信息学管道SURPI+，以快速分析mNGS数据，生成检测到的病原体的自动摘要，并提供用于评估和解释结果的图形用户界面。3.mNGS提供了一种全方面的方法，通过该方法可以在一次测定中准确鉴定几乎所有潜在病原体-病毒，细菌，寄生虫。4.将mNGS测试迁移到临床微生物学实验室仍然面临许多挑战：1、缺乏用于mNGS临床验证的既定蓝图；2、难以将病原体从殖民者或污染物中区分开；3、缺乏专为临床诊断使用的生物信息学软件；4、注重质量和全方面性的可获得的参考数据库；5、临床实验室改进修正案（CLIA）环境中，患者诊断测试固有的法规遵从性要求宏基因组测序可以提供比传统方法更快、更早的诊断结果，以及在的升级/降级方面具有重要意义。
基因测序技术在此次中起到了至关重要的作用，我国科研单位在一个月之内迅速发现了正确的致病病毒并完成测序，得到了WHO的赞许。我国科学研究者对病毒序列、变异、核酸检测手段的分享也为全世界应对COVID-19带来了极有力的支持。在病毒检测过程中，一种测序技术获得了市场的普遍关注，这个技术就是宏基因组测序（mNGS）技术。宏基因组学（Metagenomics），是以特定环境样品中整个微生物群落基因组作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本的DNA进行高通量测序。对于临床而言，mNGS可以准确的分析患者样本全部微生物，这一点对于传染性疾病的病原体研究具有极高的应用价值。面对未知病毒，抵抗力是我们健康的屏障。北京水体微生物多样性分析检测
可以通过控制微生物的生长环境来判断微生物的种属类型。土壤微生物测序
病毒相关知识：病毒是地球上数量多的生物实体，其中细菌病毒(即噬菌体)约有1031个类群，从海洋到陆地再到人体几乎都是它们的栖息地。研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。随着对病毒研究的普遍开展，“病毒组”与“病毒组学”的概念也应运而生，这些术语分别涵盖了栖息在生态系统中的所有病毒及其基因组和对它们的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根据病毒不同的特征进行分类，包括病毒的宿主范围；病毒的形态学；病毒的基因组大小；病毒的核酸组成成分以及病毒的致病性。虽然所有的性状在病毒分类学的确定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系统发育关系进行序列比较被视为定义和区分病毒群类的主要标准。土壤微生物测序
