病毒是地球上数量多的生物实体，其中细菌病毒(即噬菌体)约有1031个类群，从海洋到陆地再到人体几乎都是它们的栖息地。研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。随着对病毒研究的普遍开展，“病毒组”与“病毒组学”的概念也应运而生，这些术语分别涵盖了栖息在生态系统中的所有病毒及其基因组和对它们的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根据病毒不同的特征进行分类，包括病毒的宿主范围；病毒的形态学；病毒的基因组大小；病毒的核酸组成成分以及病毒的致病性。虽然所有的性状在病毒分类学的确定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系统发育关系进行序列比较被视为定义和区分病毒群类的主要标准。一直以来，病毒基因组测序都是疾病诊断、流行病学调查和宿主-病原关系研究的重要手段。北京水体微生物多样性测序分析方法
上海探普生物科技有限公司对样本进行宏病毒组测序有什么优势？全国开设病毒宏基因组测序的公司不超过3家，只有探普生物是专门为病毒研究者服务的，探普生物的研发团队和实验团队都来自全国各地病毒学、微生物学专业的高校，硕士及以上学历成员超过60%，团队具备普通测序实验和分析基础之外，同时具备病毒学及微生物学的学术背景，相当了解病毒相关样本情况、研究方向等。研究者在项目咨询的时候就可以明显感觉到探普生物的专业性，沟通顺畅，省时省力。成都肠道微生物多样性测序分析排行有很多微生物通过传统技术是无法鉴别的。
人类想要征服新发人畜共患病，只有提前发掘潜在的新的致病的病原，并针对新病原进行基因组分析、流行病学调查、疫苗和抗体的开发等方面的研究。病毒宏基因组学是在宏基因组学基础上发展起来研究特定环境中病毒的新兴技术，该技术结合深度测序技术（第二代、第三代测序技术）已经在人类、动物、特定环境中挖掘出大量的新病毒，该技术不依赖于病毒培养及病毒序列，在国内外被普遍应用于新发人畜共患病病原的挖掘与临床诊断。总之，随着病毒宏基因组学与各种新的分子生物学技术及深度测序技术的结合，该技术展现了区别于传统病毒诊断技术的优势，而该技术对动物病毒的挖掘及其他领域的应用将更加普遍。
DNA宏基因组测序的病原检出率均高于培养等传统方法，表现出良好的诊断性能。DNA宏基因组测序已被用于诊断各种临床传染性疾病，例如血液传染，肺和肺外结核（TB），侵袭性传染，寄生虫传染，传染性心内膜炎，复杂性肺炎，尿路传染和实体移植后的继发传染等，为临床传染性疾病的诊断和提供了新的前景。尽管一项多中心的回顾性研究表明，目前使用mcfDNA宏基因组测序作为诊断常见传染疾病的工具的优势并不明显，但它可以提供比传统方法更快、更早的诊断结果，以及在的升级/降级方面具有重要意义。传统的微生物鉴定方法依赖于表型鉴定。
用二代测序对样本进行宏病毒组测序有哪些挑战？二代测序技术基本流程是核酸纯化-文库构建-生物信息学分析。用二代测序对样本进行宏病毒组测序，每一步都是很大的挑战。无论是来自肠道还是水体或者土壤，样本都会伴随基因组数倍于病毒的细菌和宿主细胞。为了提高数据有效利用率，首先，样本处理和核酸纯化需要有的放矢。文库构建时，由于病毒基因组核酸存在多种可能，建库成本的把控、文库保真度、建库成功率对于生产者和研究者都是极大的挑战。而生信分析，由于病毒并不像细菌一样研究透彻，具备庞大的数据库，目前国内外的分析水平也是参差不齐。随着医学微生物学研究技术的不断发展，病原学诊断已不再局限于病原体水平。成都肠道微生物多样性测序分析排行
全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。北京水体微生物多样性测序分析方法
介绍宏病毒组分析的常用软件之前，首先我们来看一下宏病毒组的基本分析流程。这里需要说明的是基于病毒颗粒分离技术及NGS测序平台的宏病毒组学研究还处于起步阶段，分析功能模块新的思路和技术层出不穷，但另一个层面，宏病毒组是宏基因组的一个分支，基本大的分析思路方面与宏基因组还是有着不小的相似之处。归纳一下，宏病毒组主要包括一下几个方面的分析内容：病毒群落结构组成分析；病毒群落功能分析；病毒（特别是噬菌体）宿主预测；病毒与群落中细菌、古菌等其他微生物之间的互作网络；基于非数据库比对的新病毒序列的挖掘。北京水体微生物多样性测序分析方法
